紅河學院以學科建設為龍頭，促進學校核心內涵水平提升。2006年，“有機化學”被批準為云南省二類重點學科；2007年“天然藥物與化學生物學實驗室”被批準為云南省重點實驗室培育基地。
學校目前立項有“民族學”、“材料物理與化學”、“生物化學與分子生物學”、“應用數(shù)學”、“史學理論與史學史”、“馬克思主義中國化研究”、“計算機應用技術”、“控制理論與控制工程”、“課程與教學論”、“教育技術學”、“國際貿易學”、“理論物理”和“語言學和應用語言學”等13個重點建設學科，
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